Wstęp do bioinformatyki Kierunek studiów: Biofizyka
Kod programu: W4-S1BF19.2020

Nazwa modułu: Wstęp do bioinformatyki
Kod modułu: W4-1BF-20-23
Kod programu: W4-S1BF19.2020
Semestr:
  • semestr zimowy 2024/2025
  • semestr zimowy 2023/2024
  • semestr zimowy 2022/2023
Język wykładowy: polski
Forma zaliczenia: zaliczenie
Punkty ECTS: 3
Opis:
Bioinformatyczne bazy danych - zawartość informacji biologicznych. Oprogramowanie sieciowe i dekstopowe wykorzystywane w bioinformatyce. Wyszukiwanie informacji w bazach danych, formaty zapisu danych wykorzystywanych w bioinformatyce oraz tworzenie baz danych użytkownika. Globalne i lokalne przyrównywanie sekwencji, przyrównywanie par sekwencji i wielu sekwencji, identyfikacja funkcjonalnych elementów genomu. Identyfikacja genów różnicujących - analiza danych z mikromacierzy. Identyfikacja motywów regulatorowych. Przewidywanie funkcji białka, identyfikacja elementów sygnałowych. Przewidywanie struktury białek, identyfikacja i analiza filogenetyczna w oparciu o sekwencje białek. Modelowanie złożonych układów zależności na poziomie molekularnym
Wymagania wstępne:
Wymagana podstawowa znajomość budowy i funkcji komórki, podstawowa obsługa komputera - edytor tekstowy, arkusz kalkulacyjny, przeglądarka internetowa, umiejętność instalacji i konfiguracji oprogramowania.
Literatura podstawowa:
(brak informacji)
Efekt modułowy Kody efektów kierunkowych do których odnosi się efekt modułowy [stopień realizacji: skala 1-5]
Posiada podstawową wiedzę z zakresu mechanizmów przekazywania cech dziedzicznych (proces transkrypcji i translacji) [1BF_23_1]
 KBF_W01 [2/5] KBF_W05 [1/5] KBF_W06 [2/5] KBF_U13 [3/5] KBF_K06 [2/5]
Posiada podstawową wiedzę odnośnie dostępnych baz bioinformatycznych i sposobów korzystania z nich [1BF_23_2]
 KBF_W12 [2/5] KBF_W13 [2/5] KBF_U01 [1/5] KBF_U13 [3/5] KBF_U14 [3/5]
Posiada podstawową wiedzę odnośnie stosowanych w bioinformatyce formatów zapisu danych i potrafi dokonywać konwersji w razie potrzeby [1BF_23_3]
 KBF_W12 [1/5] KBF_W13 [1/5] KBF_U13 [2/5] KBF_U14 [3/5]
Posiada podstawową wiedzę z zakresu złożoności algorytmów i potrafi jej użyć w wyborze odpowiedniej metody obliczeniowej [1BF_23_4]
 KBF_U13 [2/5] KBF_U14 [1/5] KBF_K01 [2/5] KBF_K07 [1/5]
Posiada podstawową wiedzę odnośnie zagadnień rozpatrywanych w bioinformatyce (mapowanie DNA, sekwencjonowanie DNA, porównywanie sekwencji, przewidywanie funkcji genów, wykrywanie genów różnicujących, genotypowanie, identyfikowanie funkcji białek, rearanżacja genomu, motywy regulatorowe, sieci genów, analiza filogenetyczna) oraz stosowanych w ich rozwiązywaniu metod informatyki (przeszukiwanie wyczerpujące, algorytmy zachłanne, podejście "dziel i zwyciężaj", algorytmy grafowe, grupowanie i klasyfikacja) [1BF_23_5]
 KBF_W06 [4/5] KBF_W09 [1/5] KBF_K01 [3/5] KBF_K06 [2/5] KBF_K07 [2/5]
Posiada podstawową wiedzę bioinformatyki strukturalnej, potrafi jej użyć w modelowaniu struktur białkowych i przewidywaniu ich funkcji [1BF_23_6]
 KBF_U06 [1/5] KBF_U13 [3/5] KBF_U14 [3/5] KBF_U18 [1/5] KBF_K06 [1/5] KBF_K07 [2/5]
Zna podstawowe dostępne narzędzia używane w bioinformatyce: BioEdit, Chimera, Cn3D, Bioconductor, clustal itp [1BF_23_7]
 KBF_W15 [1/5] KBF_U13 [2/5] KBF_U14 [3/5]
Posiada podstawową wiedze na temat szlaków metabolicznych, ścieżek sygnałowych i potrafi spojrzeć na działający układ jako na całościowy system - zna podstawy bioinformatyki systemów [1BF_23_8]
 KBF_W01 [3/5] KBF_U01 [2/5] KBF_U03 [2/5] KBF_U13 [2/5] KBF_U14 [3/5] KBF_K06 [2/5] KBF_K07 [2/5]
Typ Opis Kody efektów modułowych do których odnosi się sposób weryfikacji
aktywność na zajęciach [1BF_23_w_1]
Wykonywanie ćwiczeń na podstawie materiałów dostarczonych przez prowadzącego, pod nadzorem.
 1BF_23_1 1BF_23_2 1BF_23_3 1BF_23_4 1BF_23_5 1BF_23_6 1BF_23_7 1BF_23_8
sprawozdanie [1BF_23_w_2]
Samodzielne przygotowanie sprawozdania z przygotowanych przez prowadzącego ćwiczeń do wykonania.
 1BF_23_1 1BF_23_2 1BF_23_3 1BF_23_4 1BF_23_5 1BF_23_6 1BF_23_7 1BF_23_8
rozwiązanie quizu [1BF_23_w_3]
Rozwiązanie testu (quiz) na platformie e-learningowej
 1BF_23_1 1BF_23_2 1BF_23_3 1BF_23_4 1BF_23_5 1BF_23_6 1BF_23_7 1BF_23_8
Rodzaj prowadzonych zajęć Praca własna studenta Sposoby weryfikacji
Typ Opis (z uwzględnieniem metod dydaktycznych) Liczba godzin Opis Liczba godzin
laboratorium [1BF_23_fs_1]
Część wprowadzająca w tematykę z użyciem środków audiowizualnych, z podaniem dodatkowych źródeł informacji uzupełniających. Wykonywanie pod nadzorem prowadzącego w laboratorium komputerowym ćwiczeń związanych z omawianą w części wykładowej tematyką (bioinformatyczne bazy danych, zagadnienia wymagające testowania algorytmów stosowanych w bioinformatyce oraz wykorzystywanie specjalistycznego oprogramowania). Utrwalenie wiadomości - rozwiązanie quizu na platformie e-learningowej
 30
Praca studentów pod nadzorem prowadzącego, z wykorzystaniem dostępnych źródeł informacji (materiał z części wprowadzającej, przewodniki, podręczniki użytkownika, strony www)
 45 aktywność na zajęciach [1BF_23_w_1] sprawozdanie [1BF_23_w_2] rozwiązanie quizu [1BF_23_w_3]
Załączniki
Opis modułu (PDF)
Informacje o sylabusach mogą ulec zmianie w trakcie trwania studiów.
Sylabusy (USOSweb)
Semestr Moduł Język wykładowy
(brak danych)