Matematyczne podstawy modelowania komputerowego Kierunek studiów: Biofizyka
Kod programu: 03-S2BF13.2017

Nazwa modułu: Matematyczne podstawy modelowania komputerowego
Kod modułu: 0305-2BF-17-02
Kod programu: 03-S2BF13.2017
Semestr:
  • semestr letni 2018/2019
  • semestr zimowy 2018/2019
  • semestr letni 2017/2018
  • semestr zimowy 2017/2018
Język wykładowy: polski
Forma zaliczenia: zaliczenie
Punkty ECTS: 5
Opis:
Wykład sprzężony z Modelowaniem komputerowym - laboratorium 1. Równania różniczkowe zwyczajne - przykłady i ich analiza numeryczna 1.1. Równanie Laplace'a i jego zastosowanie 1.2. Sieci neuronowe w modelowaniu zjawisk biologicznych 2. Metody obliczeniowe fizyki molekularnej: 2.1. Równania ruchu, metody rozwiązywania równań różnicowych, dynamika z więzami, oddziaływania daleko-zasięgowe, dynamika molekularna dla zespołu mikrokanonicznego, kanonicznego i izobaryczno-izotermicznego.. 2.2. Wartości średnie i fluktuacje, wielkości termodynamiczne, transformacje między zespołami, funkcje korelacji oraz współczynniki transportu) 3. Stochastyczne metody symulacji komputerowych 3.1. Dynamika brownowska 3.2. Metoda Monte Carlo (metoda Metropolis, symulacje dla zespołu kanonicznego, izotermiczno-izobaryczna oraz dla wielkiego zespołu kanonicznego). 4. Podstawy dynamiki molekularnej ab initio 4.1. Teoria funkcjonału gęstości 4.2. Metoda symulacji Car-Parinella
Wymagania wstępne:
Wiedza z wykładów „Wybrane elementy matematyki wyższej” (I stopień studiów)
Literatura podstawowa:
(brak informacji)
Efekt modułowy Kody efektów kierunkowych do których odnosi się efekt modułowy [stopień realizacji: skala 1-5]
Posiada znajomość zaawansowanych metody modelowania w fizyce, chemii i biologii. [2BF_02_1]
 KBF_W03 [4/5] KBF_W08 [4/5] KBF_K01 [4/5] KBF_K02 [4/5]
zna podstawowe relacje matematyczne stosowane w modelowaniu molekularnym [2BF_02_2]
 KBF_W08 [4/5] KBF_U02 [4/5] KBF_U06 [4/5] KBF_K01 [4/5] KBF_K02 [4/5]
umie zastosować aparat modelowania matematycznego do rozwiązania złożonych problemów z fizyki i biofizyki [2BF_02_3]
 KBF_W08 [3/5] KBF_U02 [3/5] KBF_U06 [3/5] KBF_K01 [3/5] KBF_K02 [3/5]
potrafi korzystać z wybranych pakietów oprogramowania do analizy struktury molekularnej, białek, leków itp [2BF_02_4]
 KBF_W08 [3/5] KBF_U02 [3/5] KBF_U06 [3/5] KBF_K01 [3/5] KBF_K02 [3/5]
Typ Opis Kody efektów modułowych do których odnosi się sposób weryfikacji
egzamin pisemny ( lub egzamin ustny) [2BF_02_w_1]
Egzamin z wiedzy z zakresu wykładu
 2BF_02_1 2BF_02_2 2BF_02_3 2BF_02_4
Rodzaj prowadzonych zajęć Praca własna studenta Sposoby weryfikacji
Typ Opis (z uwzględnieniem metod dydaktycznych) Liczba godzin Opis Liczba godzin
wykład [2BF_02_fs_1]
wykład wybranych zagadnień wykorzystaniem pomocy audiowizualnych oraz materiałów interaktywnych
 45
lektura uzupełniająca, praca z podręcznikiem, praca z materiałami interaktywnymi
 45 egzamin pisemny ( lub egzamin ustny) [2BF_02_w_1]
Załączniki
Opis modułu (PDF)
Informacje o sylabusach mogą ulec zmianie w trakcie trwania studiów.
Sylabusy (USOSweb)
Semestr Moduł Język wykładowy
(brak danych)