Matematyczne podstawy modelowania komputerowego Field of study: Biophysics
Programme code: 03-S2BF13.2015

Module name: Matematyczne podstawy modelowania komputerowego
Module code: 0305-2BF-12-02
Programme code: 03-S2BF13.2015
Semester:
  • summer semester 2016/2017
  • winter semester 2016/2017
  • summer semester 2015/2016
  • winter semester 2015/2016
Language of instruction: Polish
Form of verification: course work
ECTS credits: 4
Description:
Wykład sprzężony z Modelowaniem komputerowym - laboratorium 1. Równania różniczkowe zwyczajne - przykłady i ich analiza numeryczna 1.1. Równanie Laplace'a i jego zastosowanie 1.2. Sieci neuronowe w modelowaniu zjawisk biologicznych 2. Metody obliczeniowe fizyki molekularnej: 2.1. Równania ruchu, metody rozwiązywania równań różnicowych, dynamika z więzami, oddziaływania daleko-zasięgowe, dynamika molekularna dla zespołu mikrokanonicznego, kanonicznego i izobaryczno-izotermicznego.. 2.2. Wartości średnie i fluktuacje, wielkości termodynamiczne, transformacje między zespołami, funkcje korelacji oraz współczynniki transportu) 3. Stochastyczne metody symulacji komputerowych 3.1. Dynamika brownowska 3.2. Metoda Monte Carlo (metoda Metropolis, symulacje dla zespołu kanonicznego, izotermiczno-izobaryczna oraz dla wielkiego zespołu kanonicznego). 4. Podstawy dynamiki molekularnej ab initio 4.1. Teoria funkcjonału gęstości 4.2. Metoda symulacji Car-Parinella
Prerequisites:
Wiedza z wykładów „Wybrane elementy matematyki wyższej” (I stopień studiów)
Key reading:
(no information given)
Learning outcome of the module Codes of the learning outcomes of the programme to which the learning outcome of the module is related [level of competence: scale 1-5]
Posiada znajomość zaawansowanych metody modelowania w fizyce, chemii i biologii. [2BF_02_1]
 KBF_W03 [4/5] KBF_W08 [4/5] KBF_K01 [4/5] KBF_K02 [4/5]
zna podstawowe relacje matematyczne stosowane w modelowaniu molekularnym [2BF_02_2]
 KBF_W08 [4/5] KBF_U02 [4/5] KBF_U06 [4/5] KBF_K01 [4/5] KBF_K02 [4/5]
umie zastosować aparat modelowania matematycznego do rozwiązania złożonych problemów z fizyki i biofizyki [2BF_02_3]
 KBF_W08 [3/5] KBF_U02 [3/5] KBF_U06 [3/5] KBF_K01 [3/5] KBF_K02 [3/5]
potrafi korzystać z wybranych pakietów oprogramowania do analizy struktury molekularnej, białek, leków itp [2BF_02_4]
 KBF_W08 [3/5] KBF_U02 [3/5] KBF_U06 [3/5] KBF_K01 [3/5] KBF_K02 [3/5]
Type Description Codes of the learning outcomes of the module to which assessment is related
egzamin pisemny ( lub egzamin ustny) [2BF_02_w_1]
Egzamin z wiedzy z zakresu wykładu
 2BF_02_1 2BF_02_2 2BF_02_3 2BF_02_4
Form of teaching Student's own work Assessment of the learning outcomes
Type Description (including teaching methods) Number of hours Description Number of hours
lecture [2BF_02_fs_1]
wykład wybranych zagadnień wykorzystaniem pomocy audiowizualnych oraz materiałów interaktywnych
 45
lektura uzupełniająca, praca z podręcznikiem, praca z materiałami interaktywnymi
 30 egzamin pisemny ( lub egzamin ustny) [2BF_02_w_1]
Attachments
Module description (PDF)
Information concerning module syllabuses might be changed during studies.
Syllabuses (USOSweb)
Semester Module Language of instruction
(no information given)