Podstawy modelowania molekularnego Field of study: Biophysics
Programme code: 03-S1BF12.2015

Module name: Podstawy modelowania molekularnego
Module code: 0305-1BF-13-11
Programme code: 03-S1BF12.2015
Semester:
  • winter semester 2018/2019
  • winter semester 2017/2018
Language of instruction: Polish
Form of verification: course work
ECTS credits: 5
Description:
Na wykładzie student zapoznaje się z następującymi zagadnieniami: Mechanika molekularna: - Opis oddziaływań wiążących i niewiążących. - Pola siłowe: MMFF94, GAFF i GROMACS. - Metody optymalizacji: metoda gradientu prostego, najszybszego spadku i gradientów sprzężonych, algorytm Metropolisa. Klasyczne symulacje komputerowe: - Modele cząsteczek i potencjały oddziaływań między-molekularnych.  Deterministyczne metody symulacji komputerowych – układy izolowane molekuł i układy rozciągłe (periodyczne warunki brzegowe, konwencja najbliższych obrazów, obcięcie sferyczne, potencjał przesunięty), równania ruchu, metody rozwiązywania równań różnicowych, dynamika z więzami, oddziaływania daleko-zasięgowe, dynamika molekularna dla zespołu mikrokanonicznego, kanonicznego i izobaryczno-izotermicznego; wartości średnie i fluktuacje, wielkości termodynamiczne, czasowe funkcje korelacji, czasy korelacji oraz współczynniki transportu, własności strukturalne (dwójkowa funkcja rozkładu, statyczny czynnik struktury), daleko-zasięgowe poprawki energii potencjalnej i ciśnienia. - Stochastyczne metody symulacji komputerowych - metoda Monte Carlo (metoda Metropolisa, symulacje dla zespołu kanonicznego). Na zajęciach laboratoryjnych otwarte programy (ang. free software), takie jak GROMACS, Avogadro, VMD, NAMD, zostaną wykorzystany do - Skonstruowania zadanej cząsteczki oraz określenie jej najbardziej prawdopodobnej konformacji. - Przeprowadzenie symulacji dynamiki molekularnej układu atomów. - Przeprowadzenie symulacji dynamiki molekularnej układu prostych cząsteczek.
Prerequisites:
Elementarna wiedza z zakresu mechaniki klasycznej
Key reading:
(no information given)
Learning outcome of the module Codes of the learning outcomes of the programme to which the learning outcome of the module is related [level of competence: scale 1-5]
Posiada podstawową wiedzę z zakresu symulacji dynamiki molekularnej i metody Monte Carlo [1BF_11_1]
 KBF_W08 [5/5]
Zna podstawy dynamiki molekularnej. [1BF_11_2]
 KBF_W08 [5/5]
Potrafi określić zalety i ograniczenia poznanych metod symulacji komputerowych. [1BF_11_3]
 KBF_W08 [5/5]
Potrafi dokonać wyboru modelu oddziaływań, zespołu statystycznego oraz parametrów klasycznych symulacji odpowiednich dla analizowanego układu. [1BF_11_4]
 KBF_U02 [4/5]
Potrafi wykorzystać dostępne programy otwarte do modelowania prostych cząsteczek oraz symulacji dynamiki układu atomów i cząsteczek. [1BF_11_5]
 KBF_U06 [4/5]
Type Description Codes of the learning outcomes of the module to which assessment is related
Dwa kolokwia [1BF_11_w_1]
Skonstruowanie konfiguracji startowej zadanej molekuły oraz zoptymalizowanie jej struktury. Przygotowanie układu atomów/molekuł dla zadanej gęstości oraz warunków termodynamicznych i uruchomienie symulacji dynamiki molekularnej takiego układu. Ocena zaliczenia będzie średnią arytmetyczną ocen z kolokwiów w skali 2-5.
1BF_11_1 1BF_11_2 1BF_11_3 1BF_11_4 1BF_11_5
aktywność na zajęciach [1BF_11_w_2]
Dodatkowym czynnikiem ostatecznej oceny zaliczenia będzie aktywność i samodzielność w trakcie zajęć laboratoryjnych.
 1BF_11_1 1BF_11_2 1BF_11_3 1BF_11_4 1BF_11_5
Form of teaching Student's own work Assessment of the learning outcomes
Type Description (including teaching methods) Number of hours Description Number of hours
lecture [1BF_11_fs_1]
Wykład zagadnień przedstawionych w „Opisie modułu” z wykorzystaniem prezentacji multimedialnej.
 30
Praca z podręcznikiem; lektura uzupełniająca
 60 Dwa kolokwia [1BF_11_w_1] aktywność na zajęciach [1BF_11_w_2]
laboratory classes [1BF_11_fs_2]
Zapoznanie się z dostępnym oprogramowaniem, konstruowanie cząsteczek, dobór pola siłowego oraz wyznaczanie konfiguracji równowagowej. Zaprojektowanie układu molekuł z wykorzystaniem zaimplementowanych pól siłowych oraz symulacji dynamiki molekularnej tego układu.
 30
Przyswojenie wiedzy z wykładów
 30 Dwa kolokwia [1BF_11_w_1] aktywność na zajęciach [1BF_11_w_2]
Attachments
Module description (PDF)
Information concerning module syllabuses might be changed during studies.
Syllabuses (USOSweb)
Semester Module Language of instruction
(no information given)