Wstęp do bioinformatyki Field of study: Biophysics
Programme code: W4-S1BF19.2020

Module name: Wstęp do bioinformatyki
Module code: W4-1BF-20-23
Programme code: W4-S1BF19.2020
Semester:
  • winter semester 2024/2025
  • winter semester 2023/2024
  • winter semester 2022/2023
Language of instruction: Polish
Form of verification: course work
ECTS credits: 3
Description:
Bioinformatyczne bazy danych - zawartość informacji biologicznych. Oprogramowanie sieciowe i dekstopowe wykorzystywane w bioinformatyce. Wyszukiwanie informacji w bazach danych, formaty zapisu danych wykorzystywanych w bioinformatyce oraz tworzenie baz danych użytkownika. Globalne i lokalne przyrównywanie sekwencji, przyrównywanie par sekwencji i wielu sekwencji, identyfikacja funkcjonalnych elementów genomu. Identyfikacja genów różnicujących - analiza danych z mikromacierzy. Identyfikacja motywów regulatorowych. Przewidywanie funkcji białka, identyfikacja elementów sygnałowych. Przewidywanie struktury białek, identyfikacja i analiza filogenetyczna w oparciu o sekwencje białek. Modelowanie złożonych układów zależności na poziomie molekularnym
Prerequisites:
Wymagana podstawowa znajomość budowy i funkcji komórki, podstawowa obsługa komputera - edytor tekstowy, arkusz kalkulacyjny, przeglądarka internetowa, umiejętność instalacji i konfiguracji oprogramowania.
Key reading:
(no information given)
Learning outcome of the module Codes of the learning outcomes of the programme to which the learning outcome of the module is related [level of competence: scale 1-5]
Posiada podstawową wiedzę z zakresu mechanizmów przekazywania cech dziedzicznych (proces transkrypcji i translacji) [1BF_23_1]
 KBF_W01 [2/5] KBF_W05 [1/5] KBF_W06 [2/5] KBF_U13 [3/5] KBF_K06 [2/5]
Posiada podstawową wiedzę odnośnie dostępnych baz bioinformatycznych i sposobów korzystania z nich [1BF_23_2]
 KBF_W12 [2/5] KBF_W13 [2/5] KBF_U01 [1/5] KBF_U13 [3/5] KBF_U14 [3/5]
Posiada podstawową wiedzę odnośnie stosowanych w bioinformatyce formatów zapisu danych i potrafi dokonywać konwersji w razie potrzeby [1BF_23_3]
 KBF_W12 [1/5] KBF_W13 [1/5] KBF_U13 [2/5] KBF_U14 [3/5]
Posiada podstawową wiedzę z zakresu złożoności algorytmów i potrafi jej użyć w wyborze odpowiedniej metody obliczeniowej [1BF_23_4]
 KBF_U13 [2/5] KBF_U14 [1/5] KBF_K01 [2/5] KBF_K07 [1/5]
Posiada podstawową wiedzę odnośnie zagadnień rozpatrywanych w bioinformatyce (mapowanie DNA, sekwencjonowanie DNA, porównywanie sekwencji, przewidywanie funkcji genów, wykrywanie genów różnicujących, genotypowanie, identyfikowanie funkcji białek, rearanżacja genomu, motywy regulatorowe, sieci genów, analiza filogenetyczna) oraz stosowanych w ich rozwiązywaniu metod informatyki (przeszukiwanie wyczerpujące, algorytmy zachłanne, podejście "dziel i zwyciężaj", algorytmy grafowe, grupowanie i klasyfikacja) [1BF_23_5]
 KBF_W06 [4/5] KBF_W09 [1/5] KBF_K01 [3/5] KBF_K06 [2/5] KBF_K07 [2/5]
Posiada podstawową wiedzę bioinformatyki strukturalnej, potrafi jej użyć w modelowaniu struktur białkowych i przewidywaniu ich funkcji [1BF_23_6]
 KBF_U06 [1/5] KBF_U13 [3/5] KBF_U14 [3/5] KBF_U18 [1/5] KBF_K06 [1/5] KBF_K07 [2/5]
Zna podstawowe dostępne narzędzia używane w bioinformatyce: BioEdit, Chimera, Cn3D, Bioconductor, clustal itp [1BF_23_7]
 KBF_W15 [1/5] KBF_U13 [2/5] KBF_U14 [3/5]
Posiada podstawową wiedze na temat szlaków metabolicznych, ścieżek sygnałowych i potrafi spojrzeć na działający układ jako na całościowy system - zna podstawy bioinformatyki systemów [1BF_23_8]
 KBF_W01 [3/5] KBF_U01 [2/5] KBF_U03 [2/5] KBF_U13 [2/5] KBF_U14 [3/5] KBF_K06 [2/5] KBF_K07 [2/5]
Type Description Codes of the learning outcomes of the module to which assessment is related
aktywność na zajęciach [1BF_23_w_1]
Wykonywanie ćwiczeń na podstawie materiałów dostarczonych przez prowadzącego, pod nadzorem.
 1BF_23_1 1BF_23_2 1BF_23_3 1BF_23_4 1BF_23_5 1BF_23_6 1BF_23_7 1BF_23_8
sprawozdanie [1BF_23_w_2]
Samodzielne przygotowanie sprawozdania z przygotowanych przez prowadzącego ćwiczeń do wykonania.
 1BF_23_1 1BF_23_2 1BF_23_3 1BF_23_4 1BF_23_5 1BF_23_6 1BF_23_7 1BF_23_8
rozwiązanie quizu [1BF_23_w_3]
Rozwiązanie testu (quiz) na platformie e-learningowej
 1BF_23_1 1BF_23_2 1BF_23_3 1BF_23_4 1BF_23_5 1BF_23_6 1BF_23_7 1BF_23_8
Form of teaching Student's own work Assessment of the learning outcomes
Type Description (including teaching methods) Number of hours Description Number of hours
laboratory classes [1BF_23_fs_1]
Część wprowadzająca w tematykę z użyciem środków audiowizualnych, z podaniem dodatkowych źródeł informacji uzupełniających. Wykonywanie pod nadzorem prowadzącego w laboratorium komputerowym ćwiczeń związanych z omawianą w części wykładowej tematyką (bioinformatyczne bazy danych, zagadnienia wymagające testowania algorytmów stosowanych w bioinformatyce oraz wykorzystywanie specjalistycznego oprogramowania). Utrwalenie wiadomości - rozwiązanie quizu na platformie e-learningowej
 30
Praca studentów pod nadzorem prowadzącego, z wykorzystaniem dostępnych źródeł informacji (materiał z części wprowadzającej, przewodniki, podręczniki użytkownika, strony www)
 45 aktywność na zajęciach [1BF_23_w_1] sprawozdanie [1BF_23_w_2] rozwiązanie quizu [1BF_23_w_3]
Attachments
Module description (PDF)
Information concerning module syllabuses might be changed during studies.
Syllabuses (USOSweb)
Semester Module Language of instruction
(no information given)