Podstawy bioinformatyki i bioinformatyki systemów Field of study: Biomedical Engineering
Programme code: 08-S1IB12.2014

Module name: Podstawy bioinformatyki i bioinformatyki systemów
Module code: 08-IBIMB-S1-PBiBS
Programme code: 08-S1IB12.2014
Semester: summer semester 2016/2017
Language of instruction: Polish
Form of verification: course work
ECTS credits: 4
Description:
W trakcie zajęć studenci zapoznają się z bioinformatycznymi bazami danych, rodzajem zawartych w nich informacji oraz interfejsami umożliwiającymi dostęp do informacji. Studenci zapoznają się ze specyficznymi formatami zapisu danych wykorzystywanych oraz wybranymi zagadnieniami bioinformatyki, takimi jak: globalne i lokalne przyrównywanie sekwencji, przyrównywanie par sekwencji i wielu sekwencji, identyfikacja funkcjonalnych elementów genomu. Identyfikacja genów różnicujących – budowa i zasada działania mikromacierzy, analiza danych z mikromacierzy. Zagadnienie identyfikowania motywów regulatorowych. Białka i rzędowość ich struktury, przewidywanie funkcji białka. Przewidywanie struktury białek. Zagadnienie istnienia i identyfikacji elementów sygnałowych. Analiza filogenetyczna. Modelowanie złożonych układów biologicznych, również na poziomie molekularnym.
Prerequisites:
Podstawowa obsługa komputera - edytor tekstowy, arkusz kalkulacyjny, przeglądarka internetowa, umiejętność instalacji i konfiguracji oprogramowania.
Key reading:
(no information given)
Learning outcome of the module Codes of the learning outcomes of the programme to which the learning outcome of the module is related [level of competence: scale 1-5]
Zna podstawowe zagadnienia będące przedmiotem rozważań bioinformatyki i bioinformatyki systemów [k_1]
 W11 [5/5]
Zna specyficzne oprogramowanie wykorzystywane w bioinformatyce i bioinformatyce systemów, zna ograniczenia oprogramowania związane ze złożonością zastosowanych algorytmów [k_2]
 W03 [4/5]
Posiada podstawową wiedzę związaną z działaniem systemów – skomplikowanych układów charakteryzowanych wieloma, często zależnymi od siebie parametrami w odniesieniu do układów świata ożywionego. [k_3]
 W02 [4/5]
Posiada podstawową wiedzę o znaczeniu białek w działaniu organizmów żywych, zna podstawy bioinformatyki strukturalnej [k_4]
 W05 [1/5]
Potrafi wykorzystać odpowiednie narzędzia programistyczne/oprogramowanie do zrealizowania postawionych zadań związanych z bioinformatyką i bioinformatyką systemów [k_5]
 U10 [5/5]
Potrafi zaproponować rozwiązanie postawionego zagadnienia związanego z bioinformatyką wraz z szacunkami dotyczącymi złożoności czasowej i obliczeniowej zaproponowanego do rozwiązania algorytmu [k_6]
 U11 [3/5]
potrafi sformułować algorytm [k_7]
 U24 [3/5]
umiejętnie i w sposób zaawansowany: obsługuje i użytkuje komputer [k_8]
 U07 [1/5]
ma świadomość odpowiedzialności za pracę własną [k_9]
 K03 [1/5]
Type Description Codes of the learning outcomes of the module to which assessment is related
zaliczenie [k_w_1]
Rozwiązanie testu na platformie e-learningowej obejmującego pytania typu: dopasuj odpowiedź, wskaż, przeciągnij-i-upuść, wielokrotnego i jednokrotnego wyboru.
 k_1 k_2 k_3 k_4 k_5 k_6 k_7 k_8 k_9
aktywność na zajęciach [k_w_2]
Wykonywanie ćwiczeń na podstawie materiałów dostarczonych przez prowadzącego związanego z poszczególnymi treściami programowymi. Przygotowanie sprawozdania z wykonanych ćwiczeń.
 k_1 k_2 k_3 k_4 k_5 k_6 k_7 k_8 k_9
Form of teaching Student's own work Assessment of the learning outcomes
Type Description (including teaching methods) Number of hours Description Number of hours
lecture [k_fs_1]
Wykład z wykorzystaniem środków audiowizualnych w pokazami (demo na żywo) wykonywania określonych zadań administracyjnych
 15
Praca z literaturą
 45 zaliczenie [k_w_1]
laboratory classes [k_fs_2]
wykonanie zadanych ćwiczeń odpowiadających specyficznym zagadnieniom treści programowych
 45
wykonanie ćwiczeń związanych z tematyką konkretnych zajęć określonych przez prowadzącego
 15 aktywność na zajęciach [k_w_2]
Attachments
Module description (PDF)
Information concerning module syllabuses might be changed during studies.
Syllabuses (USOSweb)
Semester Module Language of instruction
(no information given)